重庆市教育委员会内设机构
负责党务、政务工作；负责文电、会议、机要、机要、档案、记录等机关的日常运行，以及政务公开工作；负责重大决议的监督和督办；对教育系统和办公室进行全面评估；负责机关信息化建设，指导教育系统电子政务工作；牵头管理网上舆情信息；管理教育系统的社区工作。
政策法规司
负责统筹教育决策研究，牵头起草教育方面的地方性法规，研究本市教育改革和发展的重大问题；组织和协调教育研究工作；拟定教育政策研究项目计划并组织实施；承担机关规范性文件的合法性审查；承办与教育行政复议和行政诉讼有关的法律事务；办理教育行政许可；指导教育系统的法制教育；参与教育执法的监督检查；统筹“五个校区”建设。
发展规划办公室
拟订全市教育发展的长远和年度规划以及市属大学、高中招生计划并监督实施；协调高、中等公办学校的管理体制改革和布局、结构调整；负责全市基础教育信息统计工作；会同有关部门审批高等、中等学校公办学校设置的调整；负责对区县(自治县)政府教育工作的考核。
组织干部部
指导全市教育系统党的工作；负责市属高校和直属单位党建和党务工作；参与市属高校及其下属重庆高校领导班子建设的具体管理；负责高职院校副职及相应职级干部的管理；负责管理领导班子、直属单位领导干部和副厅级以上领导干部；牵头协调教育系统干部教育培训工作；办理高校、直属单位和机关领导干部及党员出国政审；指导高校和直属单位统战工作。
纪检监察室
监督检查市委教委、市教委及所属系统贯彻执行党的路线、方针、政策和决议的情况，以及遵守国家法律法规和执行市委、市政府决议、决定、命令的情况。监督检查市教委、市教委领导班子及其成员维护党的政治纪律、落实党风廉政建设责任制、廉洁勤政的情况；协助市教委、市教委领导组织协调市教委、市教委及所属系统的党风廉政建设和反腐败工作。按照有关规定，查办市教委、市教委及所属系统党员干部违反党纪政纪的案件和其他重要案件。受理对市教育委员会、市教育委员会及其直属单位党组织、党员和行政监察对象的举报和投诉，受理对市教育委员会及其直属单位、党员和行政监察对象在职权范围内不服处分的投诉。承办市纪委、市监察局交办的其他工作。
人事处
负责教育系统的人事和人才工作；负责市属高校、直属单位和机关的组织、人事和社会保障工作；规划和指导中小学、中等职业学校校长队伍建设和高校教师队伍建设；负责组织实施教师资格制度；负责教育系统的人员调配、职务评聘、考核晋级、表彰奖励和有关专家的推荐；负责中小学特级教师和市级以上优秀教师的评选；承担机关调研员及其以下非领导职务和一般行政职务干部的相关管理工作。
财务处
负责管理和指导教育系统的财务和审计工作；负责教育经费的管理；负责市属高校、直属单位和机关的国有资产、预决算、财务管理和教育系统的内部审计；监督检查市属高校、直属单位和区县(自治县)招生经费收支情况；会同有关部门制定相关学校收费标准；承担义务教育经费保障机制改革；带头通过教育扶贫、救灾、助学；指导本系统的校办产业和勤工俭学工作。
基础教育司
承担全市基础教育的管理和指导工作；制定并指导实施促进义务教育均衡发展、促进教育公平的政策；指导基础教育改革；规划和指导基础教育教材建设；指导和推进九年义务教育和扫盲工作；指导学前教育、特殊教育和工读教育；指导民族教育；指导中小学德育工作；负责普通高中招生工作和学籍管理；管理中央直属中小学的教育教学工作；指导基础教育各类学校及教育机构的教育教学工作。
职业教育和成人教育司
承担中等职业教育、成人教育和社区教育的管理和指导工作；制定并组织实施相关教育教学政策；指导中等职业学校教材建设；指导职业学校学生相关教育教学改革、基础能力、实训基地建设和专业技能及水平评估；负责中等职业学校招生及其学籍、学历证书管理工作；负责推进中等职业学校与行业、企业的结合；指导中等职业学校及教育机构的教育教学工作。
科学、技术和学位研究生处
承担高等学校自然科学研究、学位和研究生教育的管理和指导工作；指导和协调教育系统的科技工作、信息化建设和版权专利工作；引导高校科技成果转化、“产学研”结合和科技创新；拟定高等学校科技、学位和研究生教育发展规划；负责博士、硕士学位授予单位、授权点、授权学科的相关工作；负责高校重点学科、重点实验室和工程研究中心的建设和管理；负责研究生培养质量和学籍管理以及学位授权点的检查评估；指导协调高校“985工程”和“211工程”建设；承担市学位委员会的具体工作。
高等教育司
承担重庆市高校各类高等教育和部属高校的统筹管理、指导和协调工作；指导高等学校教育教学改革及相关教育教学工作；指导高等学校教材建设；负责本科和专科专业的管理；制定高等学校学科专业设置标准和教学指导性文件；负责教育教学基本条件的管理；负责相关教育教学质量的监测、评价和评选；负责高等职业教育和成人高等教育校外办学的管理；负责地方学历、大专学历和高等教育自学考试管理工作。
招生考试管理办公室
拟定全市高等教育招生工作的有关规定；拟订高等教育招生法律法规并组织实施；执行国家和本市下达的招生来源计划并负责相关管理；负责全市普通高校和成人高校的招生评卷和招生工作；负责组织重庆考生专项招生的具体工作；负责指导和检查本地区研究生招生工作；参加普通高中和中等职业学校招生；负责全市高、中等教育招生考试的监督管理。
私立教育管理办公室
承担各级各类民办教育的管理和指导工作；牵头负责高、中等学历民办学校(含非学历高等教育机构)的设立、调整、审批、管理和监督；指导区县(自治县)管理和监督民办学校的办学活动；指导和协调民办教育相关的法人登记和中介服务。
师范教育系
承担幼儿园、中小学、中等职业学校中等师范教育、教师培训和继续教育的管理指导；制定并指导实施中小学和中等职业学校教师队伍建设的长远规划；指导幼儿园、中小学和中等职业学校教师队伍建设和师德师风建设；带头教学；指导教育学院、中等师范学校和师范学院的布局调整、改革、管理、教育教学工作；管理中小学教师培训证书的发放。
监督办公室
负责教育督导；负责督促区县(自治县)政府和市政府有关部门履行教育职责；组织对全市中等及中等以下教育和扫除青壮年文盲工作的督导、评估、检查和验收；发布《重庆市教育督导报告》；组织全市基础教育发展水平和质量监测。
宣传思想政治教育司
指导教育系统的宣传工作；承担高校宣传工作和校园文化建设的管理和指导；负责大学生和教师的思想政治工作；规划和指导高校思想政治宣传和德育队伍建设；指导高等学校师德师风建设；规划和指导高校社会科学研究和思想政治理论课建设；指导和协调人文社会科学重点研究基地建设；管理教育系统的报刊出版工作。
学生事务处
负责普通高等教育、专科和成人高等教育学历教育、学籍管理和学历证书审核；参加高等教育招生；负责高校毕业生和研究生的就业管理和就业指导服务；带头处理学生投诉；协助和配合有关部门开展大学生勤工俭学和社会实践活动；参与管理高校助学金、奖学金、学生奖惩，参与管理高校贷款。
安全和稳定办公室
统筹管理和指导教育系统的安全稳定工作，负责市属高校和直属单位的安全稳定工作；指导和协调有关部门应对教育系统突发事件；指导教育系统建立健全学生意外伤害保护机制和学校安全防范体系；负责学校安全稳定的宣传教育；带头进行校园及其周边的综合整治；负责教育系统安全稳定的监督和评估；负责教育系统的信访工作；负责防范和处理邪教工作。
基础设施后勤办公室
编制市属高校及直属单位基建投资计划，负责市属高校及直属单位基建相关工作；参与国家和市政府下达的基建项目的安排和管理；指导教育系统中学校基础设施和住房制度的改革；指导和协调高校社会化改革、后勤保障和后勤产业发展；指导市属重点中学和其他高中学校的后勤改革；负责教育系统节能减排工作。
体育健康艺术教育部
承担学校体育、健康、艺术教育的管理和指导工作；指导学校健康教育、卫生保健和防疫工作；组织学生体质健康监测；指导学校艺术教育和课外文娱艺术活动；组织管理市级学生体育竞赛和艺术比赛；负责组队参加市级以上各类体育比赛和艺术活动；指导学校体育卫生艺术设施建设和器材配置；协助有关部门做好学校国防教育和军事训练工作。
市语言文字工作委员会办公室
负责全市语言文字工作；组织实施国家语言文字工作的法律法规；制定有关语言文字工作的规范性文件；监督检查语言文字的使用情况；推进语言文字改革、语言文字规范化和语言文字信息处理；组织实施汉语拼音方案，推广普通话，负责普通话的培训、测试和认证工作；负责汉字应用水平的测试；协助汉语的国际推广。
国际合作与交流办公室
承办教育系统及有关部门和学校的国际教育交流与合作；负责管理留学人员、教育系统因公出国留学人员、来华留学人员、外国文教专家和在渝教师；负责中外合作办学的管理；会同有关部门，对聘请外教学校和自费留学中介机构进行资质审查；开展汉语国际推广；承担海外人才工作，引进人才；开展与港澳台的教育交流；负责举办国际教育展的审批；负责侨务工作。
退休人员办公室
负责委员会退休人员的管理，指导直属单位退休人员的工作。执行退休政策和法规；组织离退休人员的集体活动；了解和反映离休干部的情况；负责离退休人员的思想政治工作，维护老年人的合法权益；协调老年协会和机构，做好离退休工作，配合工委工作。
政府机关党群办公室
负责机关党群工作，指导直属单位群团工作。负责党的思想建设、组织建设和党风廉政建设；制定党委和党支部的学习计划和学习制度；带头在党员中开展教育活动；负责机关精神文明建设；负责机关的纪律检查工作；领导机关作风建设工作；配合组织、人事部门对机关相关行政领导干部进行考核和民主评议；负责工会、妇联和共青团工作。
新闻中心
制定对外新闻宣传的总体规划和计划；负责全市教育新闻发布工作；负责教育电视台重庆站的工作；负责向中国教育报重庆记者站组稿和编辑重庆教育信息，编写舆情简报；负责高校、区县(自治县)教育行政部门新闻发言人、新闻中心(新闻办)人员的培训工作；协调委机关各部门，指导各高校、区县(自治县)教育行政部门的对外新闻宣传工作。
机关后勤服务中心
负责委员会后勤事务的保障和服务；负责购买和管理委员会的资产；负责委员会公务车辆的管理；负责委员会办公场所的保洁和绿化以及水、电、气、电话等公共设施的管理和维护；负责临时工的聘用和管理；负责委员会食堂的管理；负责委内重大活动、会议、公务接待的后勤服务和保障；负责机关的安全防范工作；负责协调相关运营工作。